Ce projet lancé en 2007, initialement envisagé sur trois sites, notamment le quai de Terre-Neuve, dans le château de la Briantais ou dans celui d'intra-muros (la mairie), a connu plusieurs rebondissements.
La municipalité avait déjà exprimé sa préférence pour l'École Nationale Supérieure Maritime (ENSM) il y a plusieurs mois, appuyée par une étude de faisabilité. Cette préférence s'est maintenant transformée en choix définitif. Le musée devrait ouvrir ses portes en 2028.
Les malouins sont également soulagés, beaucoup d'entre eux voyaient d'un mauvais oeil le déménagement de l'école maritime hors des murs de vieille ville ! Comme une partie de l'histoire qui s'éteignait mais savoir que le musée maritime y prendra place rassure les malouins !
Selon une étude ménée en 2022, voici les sujets les plus attendus des touristes et des malouins concernant le musée maritime : les grands noms de l'histoire maritime de Saint-Malo, la vie des marins et les corsaires (guerre de Course) mais aussi les enjeux environnementaux qui suscitent un intérêt croissant.
Les thèmes du futur musée : les grandes explorations, le commerce et la course, la pêche morutière, l’industrialisation maritime et l’essor du commerce au long-cours, le tourisme balnéaire, le nautisme...
